Sheldon reçoit une proposition pour mener une expédition, pendant tout l'été, au pôle Nord. D'abord hésitant, il finit par accepter. Ses amis se réjouissent de le voir partir pour trois mois. Mais Sheldon décide de les inclure au projet, et leur propose de l'accompagner. Ils ne peuvent refuser. Leonard et Penny font le point sur leurs sentiments avant que celui-ci ne parte pour trois mois, mais celui-ci est déçu que Penny ne semble pas triste de son départ...
Alors que toute la bande joue au paint-ball, Leslie, l'ancienne petite amie de Leonard, séduit Wollowitz. Ils entament une relation amoureuse sérieuse. De retour à l'appartement, Penny s'amuse avec l'un des fusils de paint-ball qui traîne dans le salon. Par mégarde, elle fait une énorme tache de peinture verte sur le canapé, précisément à la place de Sheldon ! Un drame pour celui-ci, qui ne supporte pas de s'asseoir ailleurs
Malgré tous ses efforts, Leonard ne peut empêcher sa mère de venir passer quelques jours chez lui. Psychiatre renommée, celle-ci ne va pas tarder à tous les déprimer à coup d'analyse sur leur enfance, leur comportement étrange... Sauf Sheldon, qui lui, bien au contraire, se régale. En effet, il est l'exact double de la mère de Leonard. Il la trouve remarquable et brillante... comme lui ! Pendant que ces deux-là passent leur temps ensemble, à mener des expériences et à parler neuroscience, Penny et Leonard noient leur chagrin dans l'alcool.
Peu à peu, Stéphanie s'installe dans l'appartement de Leonard et Sheldon. Voyant que sa vie amoureuse évolue trop vite, Leonard court demander des conseils à Penny. Par ailleurs, Sheldon, hypocondriaque notoire, a soi-disant une grave maladie. Il harcèle Stéphanie pour qu'elle l'ausculte. Celle-ci finit par établir qu'il a une inflammation du larynx. Ce diagnostic, entièrement falsifié, le fait taire pour un bon bout de temps...
Leonard poursuit sa liaison avec Stéphanie, une chirurgienne renommée et sexy. Cette relation est tout à fait du goût de Sheldon, car parmi toutes les filles que Leonard a rencontrées, c'est la seule qu'il trouve "tolérable". Mais, ayant peur que Stéphanie finisse par quitter Leonard, comme d'autres l'ont fait auparavant, Sheldon se mêle de leur couple, et commence à empiéter un peu trop sur leur vie privée...
Sheldon a établi des règles de savoir-vivre farfelues. À chaque " faute " de ses amis, il leur adresse un avertissement. Au bout de trois sur une année, ils sont bannis de son groupe social. Or Penny totalise les trois : elle a envoyé à Sheldon un email humoristique, elle a voulu manger l'un de ses oignons frits et elle s'est assise à sa place sur le canapé. Penny trouve ces règles complètement ahurissantes. Sheldon et elle se livrent alors à une bataille sans merci.