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Les garçons organisent l'enterrement de vie de garçon de Howard, entre hommes, pendant que les filles préparent la réception. La soirée qui devait être calme vire au désastre pour Howard quand Raj, ivre, révèle le passé sexuel de Howard que Wil Wheaton s'empresse de mettre en ligne.
Afin d'aider ses relations sociales, Sheldon accepte de tester une machine capable d'analyser les émotions humaines. Il va alors mieux comprendre certaines réactions de Penny et Leonard. Raj connait une nouvelle rupture et a une idée que tous trouvent stupides : organiser une réunion de ses ex-petites amies.
Sheldon est confronté à un mystère de l'univers, il ne peut pas percer: quand une femme veut temps en dehors de penser, exactement combien de temps ce que cela signifie, et est-il un moyen d'accélérer le processus? À Las Vegas, Penny et Leonard marche plus proche de marcher dans l'allée, mais a Penny surmonté l'infidélité de Leonard? Et si oui, peut-il faire quelque chose pour obtenir son un-dessus?
Triste de voir Penny s'intéresser au propriétaire du magasin de comics, Leonard décide de se rendre avec Howard dans un bar à filles.
Howard tente se se rapprocher de son beau-père à la faveur d'une partie de pêche arrangée par Bernadette, mais il constate bien vite qu'ils sont tous les deux très différents. Sheldon doit prendre soin d'Amy, malade. La jeune femme espère profiter de la situation...
Raj découvre que la femme qu'il commence à fréquenter est séparée de son mari, une situation qui le rend mal à l'aise. Sheldon souhaite utiliser son ancienne chambre dans l'appartement de Penny et Leonard pour travailler, mais alors qu'il craint des conditions ubuesques, Leonard trouve Sheldon étonnamment agréable à vivre.
Sheldon a invité « professeur Proton », un animateur d'une émission de science pour enfants, qui était son idole quand Sheldon était petit pour le rencontrer en personne. De son coté, Raj confie son chien à Howard et Bernadette qui découvrent les responsabilités d'être parents.
Penny décide d'aider Sheldon qui est empêtré dans sa relation avec Amy. De son côté, Howard a du mal à accepter le dégoût de Bernadette pour les enfants...
Sheldon voit son contrat de colocation remis en question par Priya, qui utilise ses talents de juriste pour y voir les faiblesses et rendre la vie facile à Leonard, Raj et Howard. Sheldon fuit son appartement pour rejoindre la soirée entre filles de Penny, Bernadette et Amy, où cette dernière montre un nouveau visage en embrassant Sheldon. Finalement, Sheldon aura le dernier mot sur la rébellion de ses amis.
Sheldon pousse Leonard et Penny à choisir une date de mariage mais il rencontre des changements avec sa relation avec Amy.
Les mères de Sheldon et Leonard rendent visite à leurs fils quant à Bernadette, elle a atteint ses limites avec Howard, Raj et Stuart.
Lorsque l'appartement d'Amy se retrouve inondé, elle propose de venir vivre avec Sheldon comme expérience. Alors qu'Howard et Bernadette se demandent si ils souhaitent connaître le sexe de leur bébé.
En se surmenant pour collaborer aux deux projets qu'il mène de front, Sheldon tombe malade et sous l'effet de médicaments, a un blackout sur une journée entière et perd des notes sur le projet de GPS top secret. Le congé maternité de Bernadette touche à sa fin et appréhende la séparation avec sa fille.
Stuart vient d'ouvrir une nouvelle boutique de comics (vu que la dernière a pris feu). Ses amis viennent pour l'ouverture alors que de petites disputes commencent : Amy utilisait Leonard et Penny pour des expériences cognitives et Sheldon a découvert qu'Amy a aidé Barry Kripke dans ses recherches. Howard, quant à lui, apprend le décès de sa mère.
