L'un des professeurs de l'université est forcé de prendre sa retraite, ce qui laisse un grand bureau vide. Aussitôt, Sheldon et Kripke se le disputent. Du côté des filles, Amy fait un cadeau démesuré à Penny : une grande toile les représentant. Mais Penny et Bernadette s'accordent à dire que cette peinture est affreuse.

Raj, qui n'a décidément pas de chance dans sa vie sentimentale, a rendez-vous avec Lucy, une jeune femme rencontrée à la librairie. Mais la soirée tourne au désastre lorsqu'elle s'échappe par la fenêtre des toilettes du restaurant. Raj est dévasté et décide de s'enfermer chez lui pour déprimer. Sheldon invite Penny à participer à son émission sur les drapeaux...

Sheldon et Leonard rencontrent par hasard le Professeur Proton, qui a une idée d'article et la soumet à Leonard, ce qui vexe Sheldon. Raj a organisé des soirées de confection de bijoux avec les filles et Howard s'y invite.

Lorsque Sheldon doit enseigner à une classe , Howard décide de le prendre ; Amy profite de la tension entre Penny et Bernadette .

Howard utilise une arme robotique pour son propre plaisir. Penny donne des conseils à Sheldon afin que son premier rendez-vous se passe au mieux...

Sheldon s'étant fait renvoyer, il est obligé d'explorer ce que la vie a à offrir en dehors de la physique. Leonard doit donc prendre des mesures drastiques pour sortir son ami de cette impasse, et appeler Mary, la mère de Sheldon à la rescousse.

Alors que toute la bande joue au paint-ball, Leslie, l'ancienne petite amie de Leonard, séduit Wollowitz. Ils entament une relation amoureuse sérieuse. De retour à l'appartement, Penny s'amuse avec l'un des fusils de paint-ball qui traîne dans le salon. Par mégarde, elle fait une énorme tache de peinture verte sur le canapé, précisément à la place de Sheldon ! Un drame pour celui-ci, qui ne supporte pas de s'asseoir ailleurs

Sheldon essaie de se placer dans l'esprit d'Halloween et tente d'effrayer ses amis. Pendant ce temps, un artiste de BD s'intéresse à Leonard...

Leonard va se faire opérer des sinus ce qui inquiète grandement Sheldon. Pendant ce temps, Bernadette et Howard essayent de soutenir Raj qui vient d'apprendre le divorce de ses parents.

Penny sent sa relation avec Leonard se dégrader et Sheldon va se montrer bon conseiller. La fille de Howard et Bernadette ne fait pas ses nuits et les jeunes parents cherchent un moyen de ne pas avoir à remplacer le parquet usé de la chambre du bébé.

Penny et Leonard passent une folle nuit, que Leonard s'empresse d'interpréter comme étant autre chose qu'une regrettable erreur : la méprise est flagrante...

Sheldon fait la plus grande découverte de sa vie. Malheureusement, il découvre qu'elle est basée sur une erreur et il doit vivre avec ce poids. Pendant ce temps, Penny essaye d’être romantique avec Leonard autant que Howard l'est avec Bernadette.

Leonard et Amy font un voyage inattendu en Arizona pour récupérer Sheldon. Pendant ce temps, Penny passe des entretiens pour obtenir un travail au sein de la compagnie de Bernadette. Howard, quant à lui, semble confus par la relation qu’entretiennent Stuart et sa mère, Mme Wolowitz.

Malgré tous ses efforts, Leonard ne peut empêcher sa mère de venir passer quelques jours chez lui. Psychiatre renommée, celle-ci ne va pas tarder à tous les déprimer à coup d'analyse sur leur enfance, leur comportement étrange... Sauf Sheldon, qui lui, bien au contraire, se régale. En effet, il est l'exact double de la mère de Leonard. Il la trouve remarquable et brillante... comme lui ! Pendant que ces deux-là passent leur temps ensemble, à mener des expériences et à parler neuroscience, Penny et Leonard noient leur chagrin dans l'alcool.

Penny recroise par hasard Zack, son ex-petit ami qui lui propose du travail, une idée qui met Leonard mal à l'aise. Sheldon craint que son cerveau ne soit plus aussi sollicité qu'auparavant et cherche à développer de nouveaux talents, aussi divers que possible.